Przepisy nie wyłączają uczniów objętych nauczaniem indywidualnym z ogólnych zasad oceniania i klasyfikowania. W związku z tym ocenianie tych uczniów obejmuje oceny z zajęć edukacyjnych oraz ocenę zachowania.

Zgodnie z §  11 ust. 3 rozporządzenia w sprawie klasyfikowania i promowania, przy ustalaniu oceny klasyfikacyjnej zachowania ucznia, u którego stwierdzono zaburzenia lub inne dysfunkcje rozwojowe, należy uwzględnić wpływ tych zaburzeń lub dysfunkcji na jego zachowanie, na podstawie orzeczenia o potrzebie kształcenia specjalnego lub orzeczenia o potrzebie indywidualnego nauczania lub opinii poradni psychologiczno-pedagogicznej, w tym poradni specjalistycznej.

Należy natomiast pamiętać, że w indywidualnym nauczaniu nie ustala się zajęć z wychowawcą w ramach ustalonej liczby godzin nauczania indywidualnego. W tej formie kształcenia realizuje się bowiem wszystkie obowiązkowe zajęcia edukacyjne wynikające z ramowego planu nauczania danego typu i rodzaju szkoły, dostosowane do potrzeb rozwojowych i edukacyjnych oraz możliwości psychofizycznych ucznia (§  7 ust. 1 w sprawie indywidualnego obowiązkowego rocznego przygotowania przedszkolnego dzieci i indywidualnego nauczania dzieci i młodzieży). Natomiast ramowy plan nauczania określa odrębnie tygodniowy wymiar godzin dla uczniów poszczególnych klas przeznaczonych na realizację:

• obowiązkowych zajęć edukacyjnych z zakresu kształcenia ogólnego, w toku których odbywa się edukacja wczesnoszkolna, nauczanie przedmiotów lub bloków przedmiotowych,
• zajęć z wychowawcą.( §  4 ust. 1 pkt 1 i 2 rozporządzenia w sprawie ramowych planów nauczania) 

Z powyższego wynika, że zajęcia z wychowawcą zostały zdefiniowane odrębnie od zajęć edukacyjnych przeznaczonych na realizacje przedmiotów. Tym samym w zakres zajęć realizowanych w nauczaniu indywidualnym nie wchodzą zajęcia z wychowawcą.